蜀檜的根系發達，深入地下土壤中，能夠吸收更多的養分和水分。蜀檜根系主要呈現出一個較為均勻的扁平狀，而且根系生長速度快，豎向延伸的同時也會水平蔓延，因此在進行移植或者修剪時需要注意保護樹木的根系。由于蜀檜根系生長迅速，一定要防止園林工程等與地下管道沖突的問題，對植株的健康造成不必要的影響。